并行算法求助

Kieran · 发表于 2020-6-8 07:31:16

大家好，

我想向大家请教一个问题。我的计算需要经两次循环。伪代码如下。

outer Loop i = 1, 200, 1
      inner Loop j= 1, 1000000, 1
               执行语句块
      End Loopinner
End Loop outer

每运行完一次inner Loop后，都要收集一个数据，在运行完ouerLoop后，一共要收集200个数据。如果用一个CPU仅仅只运行inner Loop，而不运行outer Loop的话，需要三天多（超过72小时）的时间。

我想对inner Loop和outerLoop都分别各自使用并行。请问大有哪些建议要如何编写并行代码呢？

是否可以在inner Loop和outerLoop中分别使用MPI呢？如果可以，要如何区分哪个CPU执行哪个Loop呢？

另外，我有看到有人提及可以将MPI和OpenMP混合在一起编程。那是否可以用MPI并行outerLoop，用OpenMP并行inner Loop呢？如果可以，要如何在每次OpenMP运行完一个innerLoop后收集一个数据到相应的CPU上；然后再在所有的outer Loop运行结束后，从所有使用MPI的CPU上一共收集200个数据呢？又要如何区分哪个CPU执行MPI中的outerLoop，哪些CPU执行OpenMP中的innerLoop呢？大家有混合并行编程方面的例子，推荐一下吗？

或者大家是否有其它建议，可以使用其它方式并行这个代码，让它运行效率提高吗？谢谢大家啦。

necrohan · 发表于 2020-6-9 09:07:10

建议先试试OpenMP。
MPI要网络传输数据，如果网卡速度慢也会影响计算速度。

Kieran · 发表于 2020-6-9 22:23:12

谢谢你的回复。

我写了一个简短的例子，这个例子与我的程序结构是一样的。代码如下。

PROGRAM MAIN
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i, j, k
DOUBLE PRECISION :: en,ei,es
DOUBLE PRECISION :: ki(1000,2000), et(200),kn(2000)
OPEN(UNIT=3, FILE='output.dat', STATUS='UNKNOWN')
DO i = 1, 1000, 1
DO j = 1, 2000, 1
   ki(j,k) = DBLE(j) + DBLE(k)
END DO
END DO
outer_loop DO i = 1, 200, 1
en = 2.0d0/DBLE(200)*(i-1)-1.0d0
et(i) = en
es = 0.0d0
inner_loop DO j = 1, 1000, 1
   kn=ki(j,:)
   CALL CAL(en,kn,ei)
   es = es + ei
END DO inner_loop
WRITE (UNIT=3, FMT=*) et(i), es
END DO outer_loop
CLOSE(UNIT=3)
STOP
END PROGRAM MAIN

SUBROUTINE CAL (en,kn,ei)
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i
DOUBLE PRECISION :: en, ei, gf,p
DOUBLE PRECISION :: kn(2000)
p = 3.14d0
ei = 0.0d0
DO i = 1, 2000, 1
gf = 1.0d0 / (en - kn(i) * p)
ei = ei + gf
END DO
RETURN
END SUBROUTINE CAL

请问要如何区分哪个CPU执行哪个循环(inner_loop和outer_loop)呢？尤其是当使用MPI和OpenMP混合编程的时候，要如何修改这个代码呢？能麻烦你帮我做下简短的修改吗？多谢啦。

Kieran · 发表于 2020-6-9 22:24:47

necrohan 发表于 2020-6-9 09:07
建议先试试OpenMP。
MPI要网络传输数据，如果网卡速度慢也会影响计算速度。 ...

谢谢你的回复。

我写了一个简短的例子，这个例子与我的程序结构是一样的。代码如下。

PROGRAM MAIN
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i, j, k
DOUBLE PRECISION :: en,ei,es
DOUBLE PRECISION :: ki(1000,2000), et(200),kn(2000)
OPEN(UNIT=3, FILE='output.dat', STATUS='UNKNOWN')
DO i = 1, 1000, 1
DO j = 1, 2000, 1
   ki(j,k) = DBLE(j) + DBLE(k)
END DO
END DO
outer_loop DO i = 1, 200, 1
en = 2.0d0/DBLE(200)*(i-1)-1.0d0
et(i) = en
es = 0.0d0
inner_loop DO j = 1, 1000, 1
   kn=ki(j,:)
   CALL CAL(en,kn,ei)
   es = es + ei
END DO inner_loop
WRITE (UNIT=3, FMT=*) et(i), es
END DO outer_loop
CLOSE(UNIT=3)
STOP
END PROGRAM MAIN

SUBROUTINE CAL (en,kn,ei)
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i
DOUBLE PRECISION :: en, ei, gf,p
DOUBLE PRECISION :: kn(2000)
p = 3.14d0
ei = 0.0d0
DO i = 1, 2000, 1
gf = 1.0d0 / (en - kn(i) * p)
ei = ei + gf
END DO
RETURN
END SUBROUTINE CAL

请问要如何区分哪个CPU执行哪个循环(inner_loop和outer_loop)呢？尤其是当使用MPI和OpenMP混合编程的时候，要如何修改这个代码呢？能麻烦你帮我做下简短的修改吗？多谢啦。

Kieran · 发表于 2020-6-9 22:25:34

necrohan 发表于 2020-6-9 09:07
建议先试试OpenMP。
MPI要网络传输数据，如果网卡速度慢也会影响计算速度。 ...

谢谢你的回复。

我写了一个简短的例子，这个例子与我的程序结构是一样的。代码如下。

PROGRAM MAIN
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i, j, k
DOUBLE PRECISION :: en,ei,es
DOUBLE PRECISION :: ki(1000,2000), et(200),kn(2000)
OPEN(UNIT=3, FILE='output.dat', STATUS='UNKNOWN')
DO i = 1, 1000, 1
DO j = 1, 2000, 1
   ki(j,k) = DBLE(j) + DBLE(k)
END DO
END DO
outer_loop DO i = 1, 200, 1
en = 2.0d0/DBLE(200)*(i-1)-1.0d0
et(i) = en
es = 0.0d0
inner_loop DO j = 1, 1000, 1
   kn=ki(j,:)
   CALL CAL(en,kn,ei)
   es = es + ei
END DO inner_loop
WRITE (UNIT=3, FMT=*) et(i), es
END DO outer_loop
CLOSE(UNIT=3)
STOP
END PROGRAM MAIN

SUBROUTINE CAL (en,kn,ei)
IMPLICIT NONE
INTEGER       :: i
DOUBLE PRECISION :: en, ei, gf,p
DOUBLE PRECISION :: kn(2000)
p = 3.14d0
ei = 0.0d0
DO i = 1, 2000, 1
gf = 1.0d0 / (en - kn(i) * p)
ei = ei + gf
END DO
RETURN
END SUBROUTINE CAL

请问要如何区分哪个CPU执行哪个循环(inner_loop和outer_loop)呢？尤其是当使用MPI和OpenMP混合编程的时候，要如何修改这个代码呢？能麻烦你帮我做下简短的修改吗？多谢啦。

necrohan · 发表于 2020-6-10 08:52:55

Kieran 发表于 2020-6-9 22:25
谢谢你的回复。

我写了一个简短的例子，这个例子与我的程序结构是一样的。代码如下。

如果你真的要并行，我建议从OpenMP开始，哪个循环由哪个CPU执行是自动分配的，可以输出查看，如何修改建议你看一下最简单的例子，能满足你要求即可。

Kieran · 发表于 2020-6-25 01:37:44

necrohan 发表于 2020-6-10 08:52
如果你真的要并行，我建议从OpenMP开始，哪个循环由哪个CPU执行是自动分配的，可以输出查看，如何修改建 ...

谢谢你的建议。

我试着用OpenMP并行了我的代码，我在主程序文件（sea_MAINp.f90）中通过MPI并行了循环；在子程序文件（sea_CALp.f90）中使用OpenMP分别并行了三段循环。编译可以正常通过。但在运行时，却收到错误信息（std_err.txt），说子程序文件（sea_CALp.f90）里第359行（含有OpenMP命令的一行）有错误。但我反复查验，也没看出那一行有什么问题。

我把我的文件和错误信息文件放在附件里了。能麻烦你帮我看下，具体是哪里出了问题吗？多谢啦。

necrohan · 发表于 2020-6-28 09:14:58

错误信息里有
sea_sot 0000000000420D77 cal_mp_hamsea_ 422 sea_CALp.f90
那里涉及矩阵相乘，MATMUL(mt5,mt3)，而mt5(nu_wa,nu_wa)，mt3(1,nu_wa)，这里应该是不能相乘的。

风平老涡 · 发表于 2020-8-15 06:11:40

这取绝于运行平台。如果是分布式多核平台（distributed multicore), 可以选用MPI+OpenMP. 对外循环用MPI指定节点CPU（CPU 绑定），内循环OpenMP.

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