并行收集不同长度的数据

Kieran · 发表于 2019-12-20 05:31:53

大家好，

我想向大家请教一个利用FORTRAN写的并行程序的问题。

我的程序有两个文件，一个是主程序（main.f90），用于分配各个数据和调用各种子程序；另一个是附属程序（cal.f90），用于存储各种子程序。我把我的程序传到附件中了。

我想请教的是我在主程序（main.f90第279行）中打开了一个文件（fermi_Surface.dat），然后将km(2)个数组分配给各个CPU做计算，每个数组都分别是一个有km(1)行，3列的二维数组。每个CPU利用附属程序（cal.f90中292行）中的程序去做判断，如果该CPU接收到的维数组中的某一个元素对应的本征值（evg(i,j)）符合条件（fermi-wfe ≤evg(i,j)≤fermi+wfe），就将这个元素写入fermi_Surface.dat文件中（cal.f90中295行）；否则就不写。这样一来，会出现两个问题。

第一，因为每个CPU接收到的数组中符合条件的元素个数未必相同，进而每个CPU写入fermi_Surface.dat文件的元素个数也不一定相同

第二，因为每个CPU分别各自都在fermi_Surface.dat文件里写入数据，所以后写数据到这个文件里的CPU会把之前所有其它CPU写到这个文件里的数据抹除掉。而我想把所有的CPU写入到这个文件里的数据都保留下来。

这两个问题，我不知道要如何解决。我有查到MPI_GATHERV命令可以从不同进程接收不同长度的数据，如果能用这个命令的话，可以把每个CPU判断后，符合条件的数据都收集到跟进程里，好像可以解决问题；但这个命令要求告知每个CPU会分别传递多少个数据到跟进程里。这个信息我事先是不知道的。所以不知道要如何使用这个命令。

我想麻烦大家给些建议，要如何解决这个问题呢？多谢大家啦。

li913 · 发表于 2019-12-20 13:22:43

最简单的，每个进程写入结果到不同文件，最后让根进程把这些文件合成一个。

Kieran · 发表于 2019-12-21 00:40:31

li913 发表于 2019-12-20 13:22
最简单的，每个进程写入结果到不同文件，最后让根进程把这些文件合成一个。 ...

非常感谢你的回复。

是这样的，我的主程序（main.f90）里的数组的个数，也就是km(2)的值会达到1024。就是说主程序会调用1024回不同的CPU。每一回，不同的CPU都会在附属程序（cal.f90）中产生一个文件，当计算结束后，总共会产生1024个文件。想想满屏幕的文件，我感觉这实在太耗占空间了，当然，我不是指硬盘容量，我是指看起来上千个文件堆砌在那里，实在不太雅观。

请问有没有其它好些的方式把所有CPU写入的数据都保存在fermi_surface.dat文件中呢？谢谢啦。

li913 · 发表于 2019-12-21 12:25:52

mpi提供写文件的操作，应该可以实现你的预期，但我没用过。你可以建立一个文件夹来存放1024个文件，最后把这个文件夹删除就是。

Kieran · 发表于 2019-12-22 11:49:18

li913 发表于 2019-12-21 12:25
mpi提供写文件的操作，应该可以实现你的预期，但我没用过。你可以建立一个文件夹来存放1024个文件，最后把 ...

谢谢你的建议。

我刚刚有想了下，是不是可以先使用MPI_GATHER命令，把每个CPU判断得到的，符合条件的数据的个数收集到根CPU上，再在根CPU上建立一个一维数组，长度是1024，每个元素的值就是从各个CPU上收集来的符合条件的数据的个数。然后再次使用MPI，这次使用MPI_GATHERV命令，根据这个一维数组里每个元素的值，分别从每个CPU上收集符合条件的不同数量的数据。

可是，我有一点不确定。先后两次使用MPI，每次使用时各个CPU的传递信息给根CPU的顺序是否会一致。因为只有一致，才能保证一维数组中每个元素都对第一次使用MPI时，每个CPU判断得到的符合条件的数据的个数。

这一点，我不是很确定。你觉得是否可行呢？谢谢。

li913 · 发表于 2019-12-23 11:24:27

顺序不保证一致，但你可以根据进程号判断。

necrohan · 发表于 2019-12-23 16:59:52

本帖最后由 necrohan 于 2019-12-23 17:31 编辑

我很久没用mpi了，但是我印象中mpi计算是需要单独建立目录，所有需要的文件都要复制一份，最后有后处理程序整合数据和文件，怎么会同时读写一个文件？

如果是多个进程同时处理一个文件，我想到一个方法，就是用recl记录号的方式修改文件，指定读写的位置，但是打开文件时需要用共享方式打开，防止不同进程冲突。

[求助] 并行收集不同长度的数据

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